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La transcriptomique et l'origine de la parthénogenèse obligatoire

Aug 20, 2023

Hérédité (2023)Citer cet article

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Malgré la présence de lignées obligatoirement parthénogénétiques (OP) dérivées d'ancêtres sexués dans divers groupes phylogénétiques, les mécanismes génétiques à l'origine des lignées OP restent mal compris. Le microcrustacé d'eau douce Daphnia pulex se reproduit généralement par parthénogenèse cyclique. Cependant, certaines populations d'OP D. pulex ont émergé en raison d'événements d'hybridation et d'introgression ancestrales entre deux espèces parthénogénétiques cycliques (CP) D. pulex et D. pulicaria. Ces hybrides OP produisent à la fois des œufs subits et au repos de manière parthénogénétique, s'écartant des isolats CP où les œufs au repos sont produits via la méiose et l'accouplement conventionnels. Cette étude examine l'expression à l'échelle du génome et les modèles d'épissage alternatifs de la production précoce d'œufs au repos par rapport à la production précoce d'œufs au repos dans les isolats OP D. pulex afin de mieux comprendre les gènes et les mécanismes sous-jacents à cette transition vers la parthénogenèse obligatoire. Nos analyses d'expression différentielle et d'enrichissement fonctionnel ont révélé une régulation négative des gènes de la méiose et du cycle cellulaire au début de la production d'œufs au repos, ainsi que des modèles d'expression divergents du métabolisme, de la biosynthèse et des voies de signalisation entre les deux modes de reproduction. Ces résultats fournissent des gènes candidats importants pour une future vérification expérimentale, y compris le gène CDC20 qui active le complexe promoteur de l'anaphase dans la méiose.

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Avise J (2008) Clonalité : la génétique, l'écologie et l'évolution de l'abstinence sexuelle chez les animaux vertébrés. Oxford University Press, États-Unis

Réserver Google Scholar

Avise JC (2015) Perspectives évolutives sur la reproduction clonale chez les animaux vertébrés. Proc Natl Acad Sci USA 112(29):8867–8873

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Andrews S (2010) FastQC : un outil de contrôle de la qualité pour les données de séquence à haut débit [en ligne]. Disponible en ligne : http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Alexa A, Rahnenfuhrer J (2021) topGO : analyse d'enrichissement pour l'ontologie génétique. Package R version 2.46.0.

Bell G (1982) Le chef-d'œuvre de la nature : l'évolution et la génétique de la sexualité. University of California Press, Berkeley, Californie

Google Scholar

Blengini CS, Ibrahimian P, Vaskovicova M, Drutovic D, Solc P, Schindler K (2021) Aurora kinase A est essentielle pour la méiose dans les ovocytes de souris. PLOS Genet 17:e1009327

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Boopathy GTK, Hong W (2019) Rôle de la signalisation Hippo Pathway-YAP/TAZ dans l'angiogenèse. Frontières en biologie cellulaire et développementale, 7.

Brandlova J, Brandl Z, Fernando CH (1972) The Cladocera of Ontario avec des remarques sur certaines espèces et leur distribution. Can J Zool 50(11):1373–1403

Article Google Scholar

Carballo GB, Honorato JR, de Lopes GPF, de Sampaio et Spohr TCL (2018) Un point culminant sur la voie du hérisson sonique. Signal cellulaire commun 16(1):11

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Colbourne JK, Hebert PDN (1996) La systématique de la daphnie nord-américaine (Crustacea : Anomopoda) : une approche phylogénétique moléculaire. Philos Trans R Soc Lond Ser B: Biol Sci 351(1337):349–360

Article CAS Google Scholar

Cristescu ME, Constantin A, Bock DG, Cáceres CE, Crease TJ (2012) Spéciation avec flux de gènes et génétique des transitions d'habitat. Mol Ecol 21(6):1411–1422

Article PubMed Google Scholar

Cristescu ME, Demiri B, Altshuler I, Crease TJ (2014) Variation de l'expression génique dans les gènes de lactate déshydrogénase en double : les espèces écologiques présentent-elles des réponses distinctes ? PLoS ONE 9(7):e103964

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Dawley RM, Bogart JP (1989) Évolution et écologie des vertébrés unisexués. Université de l'État de New York, Département de l'éducation de l'État, Musée de l'État de New York

Google Scholar

Dobin A, Davis CA, Schlesinger F, Drenkow J, Zaleski C, Jha S et al. (2013) STAR : aligneur universel ultra-rapide d'ARN-seq. Bioinformatique 29(1):15–21

Article CAS PubMed Google Scholar

Ferree PM, McDonald K, Fasulo B, Sullivan W (2006) L'origine des centrosomes chez les insectes hyménoptères parthénogénétiques. Curr Biol : CB 16(8):801–807

Article CAS PubMed Google Scholar

Fink P, Pflitsch C, Marin K (2011) Les acides aminés essentiels alimentaires affectent la reproduction de l'herbivore Keystone Daphnia pulex. PLOS UN 6(12):e28498

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Gerrish GA, Cáceres CE (2003) Influence génétique versus environnementale sur la variation des pigments dans l'éphippie de Daphnia pulicaria. Freshw Biol 48(11):1971–1982

Article Google Scholar

Giardini JL, Yan ND, Heyland A (2015) Conséquences du déclin du calcium sur l'embryogenèse et le cycle biologique de Daphnia magna. JExp Biol 218(Pt 13):2005–2014.

Google Scholar PubMed

Gorr TA, Rider CV, Wang HY, Olmstead AW, LeBlanc GA (2006) Un élément cis candidat du récepteur de l'hormone juvénoïde dans le promoteur du gène de l'hémoglobine Daphnia magna hb2. Mol Cell Endocrinol 247(1–2):91–102

Article CAS PubMed Google Scholar

Goh PY, Surana U (1999) Cdc4, une protéine nécessaire au début de la phase S, remplit une fonction essentielle lors de la transition G(2)/M chez Saccharomyces cerevisiae. Mol Cell Biol 19(8):5512–5522

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Haisenleder DJ, Ferris HA, Shupnik MA (2003) Le composant calcium de la transcription du gène de la sous-unité de l'hormone lutéinisante stimulée par l'hormone de libération des gonadotrophines est médié par la protéine kinase dépendante du calcium / calmoduline de type II. Endocrinologie 144(6):2409–2416

Article CAS PubMed Google Scholar

Hannun YA, Obeid LM (2002) L'univers centré sur les céramides de la régulation cellulaire médiée par les lipides : rencontres de stress de type lipidique. J Biol Chem 277(29):25847–25850

Article CAS PubMed Google Scholar

Heier CR, Dudycha JL (2009) Spéciation écologique dans un parthénogène cyclique : capacité sexuelle d'hybrides expérimentaux entre Daphnia pulex et Daphnia pulicaria. Limnol Oceanogr 54(2):492–502

Article CAS Google Scholar

Hiruta C, Nishida C, Tochinai S (2010) Méiose avortée dans l'ovogenèse de Daphnia pulex parthénogénétique. Chromosome Res 18(7):833–840

Article CAS PubMed Google Scholar

Hong G, Zhang W, Li H, Shen X, Guo Z (2014) Analyse d'enrichissement séparée des voies pour les gènes régulés à la hausse et à la baisse. JR Soc Interface 11(92):20130950

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Huynh TV, Hall AS, Xu S (2021) La signature transcriptomique de la parthénogenèse cyclique (p. 2021.09.27.461985). bioRxiv.

Huynh T, Xu S (2019) Gene annotation easy viewer (GAEV) : intégration des annotations de la fonction génique de KEGG et des voies moléculaires associées. F1000Recherche 7:416

Article PubMed Central Google Scholar

Ihara M, Stein P, Schultz RM (2008) UBE2I (UBC9), une enzyme de conjugaison SUMO, se localise sur les mouchetures nucléaires et stimule la transcription dans les ovocytes de souris. Biol Reprod 79(5):906–913

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Innes DJ, Hebert PDN (1988) L'origine et la base génétique de la parthénogenèse obligatoire chez Daphnia pulex. Évolution 42(5):1024–1035

Article PubMed Google Scholar

Jaquiéry J, Stoeckel S, Larose C, Nouhaud P, Rispe C, Mieuzet L et al. (2014) Contrôle génétique de l'asexualité contagieuse chez le puceron du pois. PLOS Genet 10(12):e1004838

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Jin F, Hamada M, Malureanu L, Jeganathan KB, Zhou W, Morbeck DE et al. (2010) Cdc20 est critique pour la méiose I et la fertilité des souris femelles. PLOS Genet 6(9):e1001147

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Johnson SG, Bragg E (1999) Âge et origines polyphylétiques du campélome parthénogénétique hybride et spontané (gastropoda : viviparidae) du sud-est des États-Unis. Évolution 53(6):1769–1781

Article CAS PubMed Google Scholar

Kilham SS, Kreeger DA, Lynn SG, Goulden CE, Herrera L (1998) COMBO : Un milieu de culture d'eau douce défini pour les algues et le zooplancton. Hydrobiologie 377(1):147–159

Article CAS Google Scholar

King KC, Hurst GD (2010) Perdre le désir : la sélection peut favoriser l'asexualité obligatoire. BMC Biol 8(1):101

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Koch U, Martin-Creuzburg D, Grossart HP, Straile D (2011) Des acides aminés alimentaires simples contrôlent la production d'œufs au repos et affectent la croissance de la population d'un herbivore d'eau douce clé. Œcologie 167(4):981–989

Article PubMed Google Scholar

Kojima H, Tohsato Y, Kabayama K, Itonori S, Ito M (2013) Études biochimiques sur les sphingolipides d'Artemia franciscana : glycosphingolipides neutres complexes. Glycoconj J 30(3):257–268

Article CAS PubMed Google Scholar

Kraus S, Naor Z, Seger R (2001) Voies de signalisation intracellulaire médiées par le récepteur de l'hormone de libération des gonadotrophines (GnRH). Arch Med Res 32(6):499–509

Article CAS PubMed Google Scholar

Lafont R, Mathieu M (2007) Stéroïdes chez les invertébrés aquatiques. Ecotoxicol (Londres, Angleterre) 16:109–130

Article CAS Google Scholar

Li H, Handsaker B, Wysoker A, Fennell T, Ruan J, Homer N et al. (2009) Le format d'alignement de séquence/carte et SAMtools. Bioinforma (Oxf, Engl) 25(16):2078–2079

Google Scholar

Li M, York JP, Zhang P (2007) La perte de Cdc20 provoque un arrêt de la métaphase dépendante de la sécurine dans les embryons de souris à deux cellules. Mol Cell Biol 27(9):3481–3488

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Liao Y, Smyth GK, Shi W (2014) featureCounts : un programme efficace à usage général pour attribuer des lectures de séquences aux caractéristiques génomiques. Bioinforma (Oxf, Engl) 30(7):923–930

CAS Google Scholar

Lim HH, Goh PY, Surana U (1998) Cdc20 est essentiel pour la protéolyse médiée par le cyclosome de Pds1 et Clb2 pendant la phase M dans la levure en herbe. Curr Biol 8(4):231–237

Article CAS PubMed Google Scholar

Liu M, Pan J, Dong Z, Cheng Y, Gong J, Wu X (2019) Le transcriptome comparatif révèle les mécanismes de modulation potentiels de l'estradiol affectant le développement ovarien de la femelle Portunus trituberculatus. PLoS ONE 14(12):e0226698

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Love MI, Huber W, Anders S (2014) Estimation modérée du changement de pli et de la dispersion des données ARN-seq avec DESeq2. Génome Biol 15(12):550

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

[ PubMed ] Marques P, Skorupskaite K, Rosario KS, Anderson RA, George JT (2022) Physiologie de la GnRH et de la sécrétion de gonadotrophines. Dans KR Feingold et al., (Eds) Endotext. MDText.com, Inc

Moriya Y, Itoh M, Okuda S, Yoshizawa AC, Kanehisa M (2007) KAAS : Un serveur d'annotation automatique du génome et de reconstruction de voie. Acides nucléiques Res 35:W182–W185.

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Murray TM, Rao LG, Divieti P, Bringhurst FR (2005) Sécrétion et action de l'hormone parathyroïdienne : preuves de récepteurs discrets pour la région carboxy-terminale et actions biologiques associées des ligands carboxy-terminaux. Endocr Rev 26(1):78–113

Article CAS PubMed Google Scholar

Nakagawa Y, Henrich VC (2009) Récepteurs nucléaires des arthropodes et leur rôle dans la mue. FEBS J 276(21):6128–6157

Article CAS PubMed Google Scholar

Nambu Z, Tanaka S, Nambu F (2004) Influence de la photopériode et de la température sur le mode de reproduction chez l'artémia franciscana. J Exp Zool Partie A, Comp Exp Biol 301(6):542–546

Article Google Scholar

Neaves WB, Baumann P (2011) Reproduction unisexe chez les vertébrés. Tendances Genet 27(3):81–88

Article CAS PubMed Google Scholar

Neiman M, Sharbel TF, Schwander T (2014) Causes génétiques des transitions de la reproduction sexuée à l'asexualité chez les plantes et les animaux. J Evolut Biol 27(7):1346–1359

Article CAS Google Scholar

Niyaz M, Khan MS, Mudassar S (2019) Signalisation du hérisson : un talon d'Achille dans le cancer. Trad Oncol 12(10):1334–1344

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Omilian AR, Cristescu MEA, Dudycha JL, Lynch M (2006) Recombinaison ameiotique dans les lignées asexuées de Daphnia. Proc Natl Acad Sci USA 103(49):18638–18643

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Omilian AR, Lynch M (2009) Patterns of Intraspecific DNA Variation in the Daphnia Nuclear Genome. Génétique 182(1):325–336

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Ojima Y (1958) Une étude cytologique sur le développement et la maturation des œufs parthénogénétiques et sexués de Daphnia pulex. Kwansei Gakuin Univ Ann Stud 6: 123–171

Google Scholar

Pohl M, Bortfeldt RH, Grützmann K, Schuster S (2013) Épissage alternatif d'exons mutuellement exclusifs - Une revue. Biosystèmes 114(1):31–38

Article CAS PubMed Google Scholar

Riparbelli MG, Tagu D, Bonhomme J, Callaini G (2005) Auto-organisation de l'aster à la méiose : un mécanisme conservé dans la parthénogenèse des insectes ? Développement biologique 278(1):220–230

Article CAS Google Scholar

Équipe RStudio (2020) RStudio : Développement intégré pour R. RStudio, PBC, Boston, MA URL http://www.rstudio.com/

Schwander T, Henry L, Crespi BJ (2011) Preuve moléculaire de l'asexualité ancienne chez les phasmes timema. Curr Biol 21(13):1129–1134

Article CAS PubMed Google Scholar

Serra M, Snell TW (2009) Perte de sexe chez les rotifères monogonontes. Dans : I Schön, K Martens, P van Dijk, éditeurs. Sexe perdu. Dordrecht : Springer. p. 281-294

Shen S, Park JW, Lu Z, Lin L, Henry MD, Wu YN et al. (2014) rMATS : détection robuste et flexible de l'épissage alternatif différentiel à partir de données d'ARN-Seq répliquées. Proc Natl Acad Sci USA 111(51):E5593–E5601

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Sherbet GV (2017) Chapitre 7—Signalisation hippopotame dans la prolifération cellulaire, la migration et l'angiogenèse. Dans GV Sherbet (Ed.), Approche moléculaire de la gestion du cancer (pp. 65–80). Presse académique

Simon JC, Delmotte F, Rispe C, Crease T (2003) Relations phylogénétiques entre les parthénogènes et leurs parents sexuels : les voies possibles de la parthénogenèse chez les animaux. Biol J Linn Soc 79(1):151–163

Article Google Scholar

Stenberg P, Lundmark M (2004) Distribution, mécanismes et signification évolutive de la clonalité et de la polyploïdie chez les charançons. Agric Pour Entomol 6(4):259–266

Article Google Scholar

Stenberg P, Saura A (2009) Cytologie des animaux asexués. Dans I. Schön, K. Martens et P. Dijk (Eds.), Lost Sex: The Evolutionary Biology of Parthenogenesis (pp. 63–74). Springer Pays-Bas

Suomalainen E, Saura A, Lokki J (1987) Cytologie et évolution de la parthénogenèse. Presse du CRC

Suresh S, Crease TJ, Cristescu ME, Chain FJJ (2020) L'épissage alternatif est très variable parmi les lignées de Daphnia pulex en réponse à une exposition aiguë au cuivre. BMC Genomics 21(1):433

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Tatarazako N, Oda S, Watanabe H, Morita M, Iguchi T (2003) Les agonistes hormonaux juvéniles affectent la présence de mâles. Daphnia Chemosphere 53(8):827–833

Article CAS PubMed Google Scholar

Tucker AE, Ackerman MS, Eads BD, Xu S, Lynch M (2013) Aperçus génomiques de la population sur l'origine évolutive et le sort de Daphnia pulex obligatoirement asexuée. Proc Natl Acad Sci USA 110(39):15740–15745

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Varki A, Cummings RD, Esko JD, Stanley P, Hart GW, Aebi M et al. (2015) Essentials of Glycobiology (3e éd.). Presse de laboratoire de Cold Spring Harbor.

Vrijenhoek R (1998) Clones d'animaux et diversité. Biosciences 48: 617–628

Article Google Scholar

Wang Y, Liu J, Huang B, Xu YM, Li J, Huang LF et al. (2015) Mécanisme d'épissage alternatif et sa régulation (Review). Biomed Rep. 3(2):152–158

Article CAS PubMed Google Scholar

Ward A, Hopkins J, Mckay M, Murray S, Jordan PW (2016) Interactions génétiques entre les composants de cohésine spécifiques à la méiose, STAG3, REC8 et RAD21L. G3 Gènes|Génomes|Génétique, 6(6):1713–1724

White MJ, Contreras N, Chency J, Webb GC (1977) Cytogénétique de la sauterelle parthénogénétique Warramaba (anciennement Moraba) virgo et de ses parents bisexuels. II. Etudes d'hybridation. Chromosome 61(2):127–148

Article CAS PubMed Google Scholar

Xu S, Huynh TV, Snyman M (2022) La signature transcriptomique de la parthénogenèse obligatoire. Hérédité 128(2):132–138

Article CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Xu S, Innes DJ, Lynch M, Cristescu ME (2013) Le rôle de l'hybridation dans l'origine et la propagation de l'asexualité chez Daphnia. Mol Ecol 22(17):4549–4561

Article PubMed PubMed Central Google Scholar

Xu S, Omilian AR, Cristescu ME (2011) Taux élevé de délétions hémizygotes à grande échelle chez les daphnies à propagation asexuée : implications pour l'évolution du sexe. Mol Biol Évolution 28: 335–342

Article CAS Google Scholar

Xu S, Spitze K, Ackerman MS, Ye Z, Bright L, Keith N et al. (2015) Hybridation et origine de l'asexualité contagieuse chez Daphnia pulex. Mol Biol Évolution 32(12):3215–3225

CAS Google Scholar

Yang WL, Li J, An P, Lei AM (2014) La régulation à la baisse du CDC20 altère la morphologie du fuseau et provoque une réduction de la première émission du corps polaire pendant la maturation des ovocytes bovins. Thériogénologie 81(4):535–544

Article CAS PubMed Google Scholar

Ye Z, Xu S, Spitze K, Asselman J, Jiang X, Ackerman MS et al. (2017) Un nouvel assemblage de génome de référence pour le microcrustacé Daphnia pulex. G3 : Gènes, Génomes, Genet 7(5):1405–1416

Article CAS Google Scholar

Yuan YF, Zhai R, Liu XM, Khan HA, Zhen YH, Huo LJ (2014) SUMO-1 joue un rôle crucial pour l'organisation du fuseau, la congression chromosomique et la ségrégation chromosomique pendant la maturation méiotique des ovocytes de souris. Mol Reprod Dev 81(8):712–724

CAS PubMed Google Scholar

Zaffagnini F, Sabelli B (1972) Observations caryologiques sur la maturation des œufs d'été et d'hiver de Daphnia pulex et Daphnia middendorffiana. Chromosomes 36(2):193–203

Article CAS PubMed Google Scholar

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Marélize Snyman

Adresse actuelle : Department of Dermatology, University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX, 75235, États-Unis

Sen Xu

Adresse actuelle : Division des sciences biologiques, Université du Missouri, Columbia, MO, 65211, États-Unis

Département de biologie, Université du Texas à Arlington, Arlington, TX, 76019, États-Unis

Marelize Snyman & Sen Xu

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SX a conçu l'étude. MS a effectué la collecte de tissus, le travail moléculaire et les analyses de données. SX et MS ont rédigé le manuscrit.

Correspondance avec Sen Xu.

Les auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.

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Éditeur associé : Louise Johnson.

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Réimpressions et autorisations

Snyman, M., Xu, S. Transcriptomique et l'origine de la parthénogenèse obligatoire. Hérédité (2023). https://doi.org/10.1038/s41437-023-00628-3

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Reçu : 10 octobre 2022

Révisé : 18 mai 2023

Accepté : 18 mai 2023

Publié: 06 juin 2023

DOI : https://doi.org/10.1038/s41437-023-00628-3

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